Например нам надо найти все php файлы, которые не содержат строку «/bitrix/footer.php» :

find .  -name "*.php"  -not  -ipath '.*svn*' -exec  grep  -H -E -o -c  "/bitrix/footer.php"  {} \; | grep 0

Или так (записать результат в файл):

find ./ -type f -name '*.php' -exec grep -L '/bitrix/footer.php' {} \; > result.txt